Alyson Hannigan, hija de una agente inmobiliaria llamada Emilie y un camionero de nombre All, nació en Washington pero creció en Atlanta hasta que a los once años se trasladó a Los Angeles, en California, en donde compartía sus estudios por su afición al fútbol.
Comenzó su trayectoria en el show business como modelo publicitaria en su niñez, antes de debutar en el cine a mediados de la década de los 80 con “Impure Thoughts” (1985). Tres años después consiguió su primer papel de importancia al aparecer al lado de Kim Basinger y Dan Aykroyd en la comedia “Mi novia es una extraterrestre” (1988).

En 1989 protagonizó la serie de televisión “Free Spirit”, trabajando casi exclusivamente durante los años 90 en la pequeña pantalla, en donde protagonizó varios telefilmes como “Cambiadas al nacer” (1991) o “A Case for Life” (1996). En 1997 formaría parte del reparto de la teleserie de éxito “Buffy, la Cazavampiros”.
Diez años después de “Mi novia es una extraterrestre” retornaría al cine con “Cláusula de escape” (1998). Más tarde intervendría en “American Pie” (1999) y sus secuelas, “American Pie 2” (2001) y “American Pie. ¡Menuda Boda!” (2003).
En el año 2003 se casó con el actor Alexis Denisof, a quien conoció en la serie “Buffy, la cazavampiros”. Posteriormente rodarían juntos el film “Beyond the city limits” (2001).
Con anterioridad había sido novia de Ginger Fish, batería de Marilyn Manson.